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FusaHelp pour l'identification morphologique préliminaire des espèces de Fusarium


On est fier de partager que nos collègues de l'Université de Sassari (Virgilio Balmas, Safa Oufensou, Quirico Migheli) en collaboration avec le CREA (Alessandro Infantino, Alessandro Grottoli, Valentino Bergamaschi) et l'Université de Sydney (Lester W. Burgess), ont lancé FusaHelp, un programme de site web qui aide à faciliter l'identification morphologique préliminaire correcte des espèces de Fusarium. Étant "l'un des importants champignons phytopathogènes d'intérêt agricole et humain" (Infantino, A., Grottoli, A., Bergamaschi, V. et al., 2023), l'identification et le diagnostic des Fusarium sont d'une importance capitale et sont "une condition préalable pour de nombreux domaines scientifiques, tels que l'agriculture, l'écologie et la médecine" (ibid).


Le programme FusaHelp identifie les espèces les plus répandues par le biais d'un site interactif en libre accès sur le web. Il est généré avec l'aide de LucidBuilder, une plateforme basée sur JavaScript. Après une analyse approfondie de la littérature disponible, ainsi que de la description morphologique utilisée dans les clés synoptiques, les chercheurs ont pu identifier les variations des espèces de Fusarium les plus largement acceptées. En cas de discordances entre les auteurs, ou de descriptions manquantes, les experts ont réalisé des observations directes au microscope des cultures des espèces (provenant de Collections Internationales de Cultures et confirmées par des analyses moléculaires avec la séquence tef-1α). Si de nouvelles espèces apparaissent ou sont suggérées par la communauté des Fusarium, le site web est facilement actualisable et peut être édité selon les besoins.


FusaHelp est une ressource importante avec de larges possibilités d'application dans les laboratoires qui ne peuvent pas se permettre ou n'ont pas les moyens de réaliser des analyses biomoléculaires coûteuses pour identifier principalement de tels agents pathogènes. En plus d'être un outil de diagnostic utile, FusaHelp représente également une aide didactique prometteuse pour la formation de chercheurs et de techniciens dans le domaine de la mycologie à utiliser aux côtés de l'observation microscopique des cultures in vitro. Comment ? Les utilisateurs préparent d'abord les lames de microscope, observent les structures morphologiques des champignons, puis les comparent avec les informations de la base de données. L'utilisation d’agar spécifique est conseillée. Cela leur permettra d'apprendre progressivement à reconnaître le champignon au niveau de l'espèce, devenant éventuellement autonomes. Des activités de renforcement des capacités de ce type sont fondamentales dans de tels contextes et différencient cette approche des autres bases de données diagnostiques qui génèrent une réponse sans l'implication directe du demandeur. Ces caractéristiques font donc de FusaHelp un outil très utile et facile à utiliser pour les étudiants, les chercheurs, les techniciens agricoles, les médecins et vétérinaires et tous ceux intéressés par les études taxonomiques basées sur la morphologie de ce genre fongique important.


La base de données FusaHelp est librement disponible sur le lien suivant : https://www.fusahelp.com.


Dans le contexte du projet EWA-BELT, la base de données FusaHelp pourrait s'avérer utile lorsque, et si, la plateforme PLANTHEAD intègre un outil d'intelligence artificielle capable d'évaluer les images microscopiques obtenues par les microscopes en papier Foldscope (ou par tout autre microscope). Ce faisant, disposer de nombreuses images pour reconnaître une forme spécifique de maladie des plantes à travers la banque de données FusaHelp pourrait représenter une stratégie efficace en termes de temps et de coûts pour résoudre les problèmes morphologiques. Ainsi, un partage de connaissances et de compétences entre les deux outils numériques pourrait représenter une nouvelle et encourageante frontière dans la digitalisation des outils de diagnostic pour la protection des plantes.


Plus d'informations sont disponibles dans l'article d'Infantino A., Grottoli, A., Bergamaschi, V. Oufensou S., Burgess L.W, Balmas V., "FusaHelp: un programme de site web pour l'identification morphologique des espèces de Fusarium" publié dans le Journal of Plant Pathology (JPP) (2023). (https://doi.org/10.1007/s42161-023-01349-6) et ayant reçu le "choix éditorial du JPP" pour mai 2023.



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