qPCR

Description du qPCR

STMicroelectronics (ST), Italie, est en train de mettre au point un flux de travail complet pour l'analyse moléculaire. L'analyse proprement dite sera effectuée sur l'appareil portable "Q3" conçu par ST, qui met en œuvre la réaction en chaîne de la polymérase quantitative (qPCR ; la technique moléculaire de référence). L'objectif est d'analyser les cultures d'intérêt pour les pays africains concernés - comme le maïs, l'arachide, le sorgho, le blé, le café - à la recherche de champignons producteurs de mycotoxines.

L'activité de développement comporte trois aspects principaux :

1) Une procédure facile de préparation des échantillons sera conçue pour extraire l'ADN des cultures. Les échantillons seront fournis à ST par d'autres partenaires.

2) En ce qui concerne la qPCR, les séquences d'ADN cibles à détecter seront définies conjointement. Ces séquences appartiendront à des gènes fongiques impliqués dans la biosynthèse des mycotoxines. Après une phase d'installation sur un équipement de qPCR de type "gold-standard", les réactions de qPCR seront portées sur le dispositif de qPCR "Q3". Des tests d'optimisation seront effectués sur des échantillons traités avec la procédure de préparation d'échantillons développée. Les performances du Q3 seront comparées à celles d'un instrument qPCR de référence, ainsi qu'à celles d'une autre technique standard.

3) Un logiciel Q3 dédié à l'EWA-BELT sera développé. Ce logiciel sera très facile à utiliser et interprétera automatiquement les résultats bruts - en indiquant "positif" ou "négatif" pour chaque mycotoxine ciblée. De cette manière, même les personnes qui ne sont pas expertes en techniques moléculaires pourront utiliser la plateforme, après une formation minimale.

Les fichiers de sortie pourront être téléchargés vers un référentiel dédié sur la plateforme PLANTHEAD, où toutes les données générées dans le cadre du projet seront rassemblées.

Après la première phase de développement et d'optimisation, une formation sera organisée pour les utilisateurs finaux potentiels en Afrique. Tout le matériel et le savoir-faire nécessaires à l'exécution du flux de travail complet seront transférés aux partenaires africains sélectionnés.

Globalement, l'objectif est de rendre les analyses moléculaires plus accessibles, grâce à la portabilité, à la facilité d'utilisation et au coût réduit de la plateforme Q3 par rapport à l'équipement qPCR standard.